W styczniu 1999 roku Instytut Sztuki został wyróżniony honorową odznaką "Za zasługi dla województwa krakowskiego" przez Wojewodę Małopolskiego.

Stowarzyszenie zostało również nominowane do statuetki Nike 2003 (nagrody Allianz) za wiele ważnych inicjatyw artystycznych oraz promowanie młodych twórców.

W grudniu 2003 roku Instytut Sztuki został uhonorowany prestiżową Nagrodą Stołecznego Królewskiego Miasta Krakowa w dziedzinie działalności kulturalnej i upowszechniania kultury Krakowa w kraju i za granicą.